实施耕地保护补偿是加强耕地激励性保护的重要举措。《中共中央国务院关于加强耕地保护和改进占补平衡的意见》提出，要健全耕地保护补偿机制，加强对耕地保护责任主体的补偿激励。广东省于2012年9月在全国率先建立覆盖全省的耕地保护补偿机制，六年探索实践，全省各地耕地保护意识显著增强，对于我国经济第一大省而言，补偿机制有力推动了经济发展与耕地保护的协调统一，在全国具有重要的示范作用。国家自然资源督察广州局近期督察调研发现，尽管广东省耕地保护补偿成效显著，但也存在一些体制机制上的问题，制约了其效用的发挥。
坚持试点先行，实行经济补偿与保护责任挂钩
广东省采取试点先行办法，2010年3月，佛山市在酝酿三年的基础上，正式将基本农田保护补贴纳入全市“十大民生工程”，率先建立基本农田保护补贴制度，补贴标准为禅城区、南海区、顺德区不低于500元/亩/年，三水区、高明区不低于200元/亩/年。随后，广州、东莞、惠州等地开始实施相关补偿制度。
在总结各市经验做法基础上，2012年9月，《广东省人民政府办公厅转发省国土资源厅财政厅关于建立基本农田保护经济补偿制度意见的通知》印发，在全国率先建立覆盖全省的耕地保护补偿机制。
在补偿范围上，广东省将土地利用总体规划划定的基本农田均纳入补偿范围，有条件的地方将基本农田范围外的耕地纳入补偿范围。在补偿对象上，明确为承担基本农田保护任务的农村集体经济组织、国有农场等基本农田保护单位。在补偿标准上，广东省财政按照基本农田30元/亩/年的标准给予补助（部分珠三角城市按50%执行），2012~2017年，累计下拨专项补助资金67.2亿元。一些市县结合实际，加大补助资金安排力度，其中广州、佛山、东莞、中山市级补助标准达300~500元/亩/年。
在补偿资金使用范围上，广东省要求主要用于基本农田管护、土地整治、农村集体经济组织成员参加社会养老保险和农村合作医疗等支出，具体由地级以上市人民政府研究确定。有的城市允许村集体安排部分资金用于发展经营性项目、精准扶贫开发、村级公益事业等，少数地区允许按规定名目支出仍有剩余的用于村民分红。各市对补偿资金实行专户管理、专款专用，如广州市和湛江市在区县级土地主管部门建立补偿资金管理台账，珠海市和中山市在各镇政府设立专账，核算各级财政下拨的补偿资金。
为加强对补偿资金使用的约束和监管，广东省实行经济补偿与保护责任挂钩，对未经批准擅自在基本农田上进行非农业建设、占用基本农田发展林果业或挖塘养殖、基本农田抛荒超过6个月的，取消经济补偿，并追究责任。省政府将耕地保护补偿工作情况纳入各地区耕地保护责任目标考核范围，2017年专门开展了加强补偿政策执行力度检查，推动工作落实到位。
地方责任意识增强，耕地保护由“被动”变“主动”
耕地保护补偿机制的全面实施，显著强化了全社会的耕地保护意识。各级政府每年固定安排一定财政预算用于耕地保护补偿，不但要确保资金落实到位，还要确保资金使用效果到位，并接受人大和群众监督，强化了各级政府耕地保护主体责任意识。通过建立经济补偿与保护责任挂钩机制，落实“谁保护，谁受益”，“谁破坏，谁担责”，充分调动了农村集体经济组织和农民保护耕地的积极性，丰富了对村集体和农民耕地保护情况进行约束的手段，村集体和农民违法占用耕地数量得到一定程度遏制。
通过耕地保护补偿资金的制度性投入，广东省各地加强基本农田整治和维护，改善了耕地生产条件，耕地保护责任目标考核均顺利完成，高标准农田建设、永久基本农田划定等工作有力推进。管控、建设和激励并举的耕地保护新机制不断健全，对于我国经济第一大省广东省而言，有力推动了经济发展与耕地保护的协调统一。