土地科技创新作为国土资源科技创新“三深一土”战略的重要一环，肩负着以科技创新引领土地整治事业发展的重任。在全国政协委员胡存智看来，土地整治不仅要在理论、方法和原理等方面深化研究，还要继续在测量、评价、监测或监控等技术、方法与手段方面进行多纬度研究，重点是要综合考虑数量、质量、生态和空间等多因素。他认为，当前土地整治在技术、工程、工艺、流程方面都存在一定的短板，需要深入研究土地工程技术怎样才能更好地符合科技规律，更好地符合农作物生长规律。此外，还要研究土地整治的运作机制、经济机制、运营模式及市场参与、政府引导等方面的手段，引入PPP等运作模式。
对此，全国政协委员廖永林认为，土地整治如何保证质量，确保实现高标准农田建设的任务，应该从技术支撑方面拿出一个衡量“高标准”的技术规范。全国政协委员张全国认为，衡量耕地质量与生态应该有一项标准是对农产品的品质要求，提高耕地质量首当其冲就是保障农产品质量，而其中土地整治科技创新就显得很重要。
北京师范大学环境学院赵烨教授提出，土地整治既要有继承，也要有创新，建议在高等地与优等地方面加入一些耕地生态健康的要素，并且这应该成为土地科技创新的一个方向。此外，在中等地、低等地包括未利用地方面，也应该通过一定的技术手段，借助科技创新来提升未利用地的质量等级和生态价值。
这一点得到了与会代表委员们的认同。全国人大代表董祚继表示，“我们还有那么多的沙地、盐碱地，千百年来一直就这么荒着。土地整治要在耕地数量保护、质量建设和生态改善方面有所作为，就要着力扩大后备资源，通过土地科技创新，把适宜耕种、有质量保证的后备资源尽量开发利用起来。”他希望能在技术层面对土地整治的经济、生态、社会等多功能多效益进行评估，“如果能有个量化指标或量化依据就更好了”。
全国政协委员许皞认为：“一些未利用地土壤好、潜力大，可以说是一笔被遗忘的财富。土地整治应该通过工程技术，着力改造和发掘未利用土地的潜力，这将在生态补偿方面有很大的空间。”全国政协委员秦昇益说：“一些未利用地或者是盐碱地，在当时的那种条件下是废弃的、没有用处的，但如果打破常规，通过科技创新找准关键点去逐一改良，完全可以把沙漠变为绿洲，把盐碱地变为良田。”他建议在盐碱地、重度污染或沙漠及缺水的地方，运用新技术新产品开展生态平衡和土地产能检验，通过技术创新去重构土地生态。
与会代表委员们认为，当前的土地整治以及高标准农田建设都不同程度地存在后期管护问题，土地整治科技创新也应该着力研究如何保持土地整治工程的长久效果，深化工程后期管护。全国人大代表谢德体认为：“重视后期管护不仅需要提高土地整治投入标准，还需要土地整治科技创新”。对此，全国政协委员廖永林说，高标准基本农田建设开展了好多年，可以说容易改造和建设的农田已经基本改造完了，实际上现在更多的工程技术要放在维护好已建成的高标准基本农田的“高水平”或“高标准”上。
